Главная | Обратная связь | Поможем написать вашу работу!
МегаЛекции

Что программа умеет считать

HyperChem v. 7

это мощная 32-разрядная программа, разработанная для Windows 95, 98, NT, 2000 и XP компанией Compuchem.

 

Ввод молекулярной структуры

· Здание молекул в программе HyperChem очень просто: выбираете элементы из периодической таблицы Менделеева, и "мышью" делаете эскиз молекулярной структуры. С помощью мыши вы можете вращать и изменять молекулярную структуру.

· Затем программа преобразовывает эскизы в трехмерные структуры

· Эскиз молекулярной структуры составляется легко: для каждого нового атома задаются длины новых связей и углы относительно других связей в молекуле.

· Строительство кластеров и молекулярных комплексов очень легко, так же как и перемещение групп атомов.

· Можно строить пептиды и нуклеиновые кислоты из аминокислоты и библиотек нуклеотидов.

· Строительство больших молекул возможно путем изменений в любой точке.

· Для изучения водных растворов программа умеет добавлять периодическую структуру, содержащую молекулы воды.

· Программа читает данные в различных форматах: Brookhaven PDB, ChemDraw CHM, MOPAC Z-matrix, MDL MOL and ISIS Sketch, и Tripos MOL2.

Типы Вычислений

· Одноточечные вычисления определяют молекулярную энергию и другие характеристики для данной установленной геометрии.

· Оптимизация геометрии путем минимизации энергии.

· Вычисления частот нормальных колебаний для уже оптимизированной структуры. Программа умеет рисовать колебательный спектр, а также может изобразить колебательные движения, связанные с конкретными колебательными состояниями.

· Поиск переходного состояния, то есть поиск метастабильные структуры, соответствующие переходному состоянию.

· Программа может использовать метод "Synchronous Transit", после чего рассчитывает параметры молекулы.

· Моделирование молекулярной динамики: вычисление классических траекторий для молекулярных систем. Квантовые силы могут использоваться для моделирования реакционных столкновений. Времена нагрева, установления равновесия, охлаждения могут быть использованы для моделирования annealing и для исследований других температурно зависимых процессов. Возможно моделирование процессов как при постоянной энергии, так и при постоянной температуре.

· Для моделирования столкновений с молекулами растворителя программа вдобавок к обычным межмолекулярным силам может добавить фрикционные и случайные силы (по Ланжевену).

· Для вычисления температурно-зависимого равновесных характеристик, а также для изучения возможных конфигураций статистического ансамбля программа использует методы Монте Карло.

Вычислительные Методы

· Квантовая механика Ab Initio

Есть выбор из большого количества обычно используемых базисов (от STO-1G до D95**), включая стандартные базисы STO-3G, 3-21G, 6-31G* и 6-31G**
Дополнительные базисные функции (s, p, d, sp, spd) могут быть добавлены к индивидуальным атомам или к группам атомов. <\li>

· Полуэмпирическая Квантовая механика

HyperChem предлагает десять полуэмпирических методов, (есть возможность рассчитывать комплексы переходных металлов). Эти методы пригодны также и для спектрального моделирования.

Есть большой выбор методов: Extended Huckel, CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, MNDO/D, AM1, PM3 (включая переходные металлы), ZINDO/1 и ZINDO/S.

Что программа умеет считать

 

· Относительную стабильность изомеров,

· Теплоту образования,

· Активационную энергию,

· Атомные заряды,

· HOMO-LUMO запрещенную энергетическую зону,

· Потенциалы Ионизации,

· Сродство к электрону,

· Дипольные моменты,

· Электронные энергетические уровни,

· Электронную корреляционную энергию,

· Конфигурационное взаимодействие,

· Структуру и характеристики переходного состояния,

· Энергия взаимодействия для несвязанных состояний,

· Видимые и УФ-спектры,

· ИК спектры поглощения,

· Влияние изотопного замещения на колебательный спектр,

· Влияние столкновений на структурные свойства,

· Стабильность кластеров.

Подробности о новшествах в 7-й версии программы можно прочитать здесь:
What is new in HyperCghem v.7? Вы можете скачать бесплатную демонстрационную версию HyperChem 7 на сервере HyperChem Evaluation DownLoad". Лицензия позволяет вам работать с этой демонстрационной программой только 30 дней. Cкопировать из БХФ: databases/HyperChem7.zip(zip, 43611 kb)


<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">ПРОГРАММА HyperChem<o:p></o:p></SPAN> <SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: RU"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Программа HyperChem<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>

На сегодняшний день методы квантовой химии и молекулярной динамики получили широкое распространение в численном моделировании электронной и атомной структур сложных систем молекулярных, кристаллических и переходных (нано) размеров. Это связано с технологическим развитием соответствующего математического обеспечения. Сейчас в мире функционирует достаточно много современных вычислительных комплексов, реализующих методы квантовой химии и молекулярной динамики, однако, для широкого круга пользователей наиболее доступно использование этих методов обеспечивается известной квантово-химической и молекулярно-динамической программой HyperChem. Все результаты молекулярно-динамического моделирования, представленные в данной мультимедийной программе получены с использованием различных версий. Бесплатную демонстрационную версию этой программы читатель можно получить на сайте корпорации Hypercube (http://www.hyper.com/). Весьма полезную, интересную и более доступную информацию, касающуюся версий программы, имеющих хождение в нашей стране можно также получить и по адресу <SPAN style="mso-bidi-font-weight: bold; mso-bidi-font-style: italic">www.prognauka.narod.ru</SPAN>.

Документация к программе HyperChem на английском языке находится в файлах <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">CDK.pdf</SPAN>, <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">GetStart.pdf</SPAN>, <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Referenc.pdf</SPAN>. Для исследователей, абсолютно незнакомых с методами и программами квантовой химии и молекулярной динамики в данном руководстве приводится некий «курс молодого бойца», который позволяет легко начать работу с программой HyperChem. <![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

После установки и запуска программы на мониторе появляется окно (вне зависимости от версии программы).<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Части окна HyperChem<SPAN style="COLOR: maroon"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="COLOR: red">Строка названия</SPAN> показывает имя файла, с которым Вы работаете. Если Вы работаете во вновь созданном файле, имя появляется как <SPAN style="COLOR: blue">untitled</SPAN>.

<SPAN style="COLOR: red">Строка меню</SPAN> содержит имена других HyperChem меню:<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="COLOR: blue">File</SPAN> Файл,

<SPAN style="COLOR: blue">Edit</SPAN> Редактирование,

<SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> Построение объектов,

<SPAN style="COLOR: blue">Select </SPAN> Выделение,

<SPAN style="COLOR: blue">Display</SPAN> Отображение,

<SPAN style="COLOR: blue">Databases</SPAN> Базы данных,

<SPAN style="COLOR: blue">Setup</SPAN> Установки,

<SPAN style="COLOR: blue">Compute</SPAN> Расчет,

<SPAN style="COLOR: blue">Cance</SPAN> l Отмену,

<SPAN style="COLOR: blue">Script</SPAN> Сценарий,

<SPAN style="COLOR: blue">Help</SPAN> Подсказку.<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="COLOR: red">Панель инструментов </SPAN> Левая сторона строки инструментов содержит восемь клавиш инструментальных средств, которые Вы используете, чтобы построить, выбрать, отобразить, и переместить атом или молекулу (см. ниже "Использование мыши").<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="COLOR: red">Строка состояния</SPAN> показывает текущую информацию, такую как количество атомов в молекуле, которое к настоящему времени отображается, состояние вычисления, энергию или величину градиента. Когда Вы выбираете пункт меню, краткое описание пункта появляется в строке состояния.<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="COLOR: red">Кнопки управления меню</SPAN> содержат команды, позволяющие менять размеры, перемещать, расширять и закрывать окно HyperChem. Они также содержат команду Ключа, которая позволяет Вам активизировать другие окна.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Использование мыши<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Работа в HyperChem по большей части происходит при помощи мыши. Она используется следующим образом:

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-font-weight: bold">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">Точка</SPAN> <SPAN style="COLOR: teal"> </SPAN>- перемещение точки (скольжение), при этом курсор указывает, что Вы хотите выбрать в окне HyperChem.<o:p></o:p>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">L-Нажатие</SPAN> - щелчок левой кнопкой мыши.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">R-Нажатие</SPAN> - щелчок правой кнопкой мыши. Обычно, R-нажатие имеет противоположный эффект L-нажатию.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">Двойное нажатие</SPAN> - быстрый двойной щелчок левой кнопкой мыши.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">5.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">L-протяжка</SPAN> или <SPAN style="COLOR: teal">R-протяжка</SPAN> - нажатие на левую или правую кнопку мыши, и перемещение, не отпуская кнопки, (скольжение) курсора в новую позицию в рабочей области.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">6.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">LR-протяжка</SPAN> - нажатие и удержание левой кнопки мыши, затем правой кнопки и перемещение курсора в новую позицию в рабочей области.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">7.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]> <SPAN style="COLOR: teal">RL-протяжка</SPAN> - так же, как LR-протяжка, но вначале нажатие правой кнопки мыши. <![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Курсор мыши способен изменять форму. Чтобы это увидеть:

<![if!supportLists]>1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Укажите на инструментальное изображение (<SPAN style="COLOR: red; mso-bidi-font-style: italic">Draw</SPAN>) нажмите левую клавишу.<!--[if gte vml 1]> <v:shape id=_x0000_i1028

style="WIDTH: 23.25pt; HEIGHT: 23.25pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок02"

src="./chapter_01.files/image005.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if!vml]><![endif]><SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>

<![if!supportLists]>2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Переместите курсор в рабочую область. Курсор приобретает соответствующую форму: <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN>

<![if!supportLists]>3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Укажите на инструментальное изображение (<SPAN style="COLOR: red; mso-bidi-font-style: italic">Select</SPAN>)<SPAN style="mso-bidi-font-size: 18.0pt"> </SPAN>и нажмите левую клавишу.<!--[if gte vml 1]> <v:shape id=_x0000_i1029

style="WIDTH: 21.75pt; HEIGHT: 23.25pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок03"

src="./chapter_01.files/image007.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if!vml]><![endif]><SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>

<![if!supportLists]>4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Переместите курсор в рабочую область. Он приобретает соответствующую форму</SPAN>. Таким же образом изменяется форма курсора при выборе остальных шести клавиш строки инструментов.

<SPAN style="COLOR: maroon"><!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1030

style="WIDTH: 24pt; HEIGHT: 22.5pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок04"

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Клавиатурные альтернативы<o:p></o:p></SPAN>

HyperChem обеспечивает стандартные альтернативы клавиатуры

Чтобы открыть меню, использующее клавиатурную альтернативу, нажмите одновременно кнопку [ Alt ] и клавишу [ S ]. Открывается меню <SPAN style="COLOR: blue">Выбора</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Select</SPAN>).

Таким образом, можно открыть и все остальные меню, нажимая одновременно с [ Alt ] на клавишу первой буквы названия (F для меню File и т.д.).

Чтобы закрыть меню: нажмите [ Alt ] или клавишу [ Esc ].

Чтобы выбрать один из пунктов уже открытого меню: нажмите одновременно на кнопку [ Alt] и клавишу, соответствующую первой букве названия пункта меню (A для пункта Atom).

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Кратчайшие клавиатурные пути<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="COLOR: maroon"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>HyperChem имеет различные кратчайшие клавиатурные пути.

[ Ctrl ] + [ N ] - создать новый файл (<SPAN style="COLOR: blue">New</SPAN> на Файловом меню).

[ Ctrl ] + [ O ] - открыть файл (<SPAN style="COLOR: blue">Open</SPAN> на Файловом меню).

[ Ctrl ] +[ S ] - сохранить (<SPAN style="COLOR: blue">Save</SPAN>)

[ Ctrl ] + [ X ] - вырезать (<SPAN style="COLOR: blue">Cut</SPAN>)

[ Ctrl ] + [ C ] - копировать (<SPAN style="COLOR: blue">Copy</SPAN>)

[ Ctrl ] + [ V ] - вставить (<SPAN style="COLOR: blue">Past</SPAN>)

[ Alt ] + [ F4 ] - выход (<SPAN style="COLOR: blue">Exit</SPAN>)

[ F4 ] - построение изоповерхностей

[ F9 ] - копирование всего изображения (<SPAN style="COLOR: blue">Copy../book/image(III)/Image</SPAN>) в меню Редактирования.

[ Esc ] - отмена. <![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Открытие файла образца Sample File<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="COLOR: maroon"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>

В программе HyperChem Вы можете работать с молекулами тремя способами:

<![if!supportLists]>1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Инструментальные средства дают возможность создать двухмерную (<SPAN style="COLOR: green">2D</SPAN>) структуру молекулы и затем преобразовывает ее с помощью моделепостроителя HyperChem в трехмерный (<SPAN style="COLOR: green">3D</SPAN>) вид.

<![if!supportLists]>2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Выбор остатков позволяет последовательно выбрать из HyperChem/Lite уже готовые остатки аминокислот и нуклеотидов (нуклеозидов), чтобы создать белки и нуклеиновые кислоты.

<![if!supportLists]>3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN><![endif]>Чтение: набор атомных и молекулярных координат, которые были сохранены в HyperChem формате входного файла (файл <SPAN style="COLOR: green">HIN</SPAN>) или формате Белкового банка данных Brookhaven Protein Data Bank (файл <SPAN style="COLOR: green">ENT</SPAN>), а также в ряде других форматов.<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Открытие HIN файла <o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-font-weight: bold">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Переместить указатель мыши в верхнюю левую часть окна на меню File.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Нажатием левой кнопки мыши (<SPAN style="COLOR: teal">L-Нажатие</SPAN>) откройте файловое меню

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В диалоговом блоке меню выберите <SPAN style="COLOR: blue">Open (Открыть</SPAN>)

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Появляется список файлов, среди которых необходимо выбрать нужный и <SPAN style="COLOR: teal">L-Нажатием</SPAN> кнопки мыши открыть его.<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

 

<!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1036

style="WIDTH: 318.75pt; HEIGHT: 291.75pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок10"

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Использование дисплейных установочных параметров<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="mso-bidi-font-weight: bold"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>

HyperChem автоматически использует дисплейные установочные параметры с последнего сеанса работы. Выбрать дисплейные установочные параметры можно, используя пункт меню <SPAN style="COLOR: blue">Display </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Отображение</SPAN>).

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Использование подписей атомов и молекул<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Если молекула отображается с подписями атомных зарядов и пр., <SPAN style="COLOR: green">удалить их</SPAN> можно следующим образом:

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]><SPAN style="COLOR: teal">L-Нажатием</SPAN> кнопки мыши открыть <SPAN style="COLOR: blue">Labels </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Этикетки</SPAN>).

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В списке подписей атомов автоматически помечено <SPAN style="COLOR: blue">None</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Ничто</SPAN>).

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]><SPAN style="COLOR: teal">L-Нажатие</SPAN> на <SPAN style="COLOR: blue">OK</SPAN> отменяет подписи атомов. Диалоговый ящик закрывается, и подписи не отображаются.

Чтобы использовать подписи необходимо в диалоговом окне пометить интересующее и нажать <SPAN style="COLOR: blue">ОК</SPAN>. Диалоговый ящик закрывается, и молекула помечается выбранными символами (химическими символами элементов, зарядами и пр.).

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Использование молекулярных изображений<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Чтобы изменить изображения молекулярной системы:

<![if!supportLists]><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-ansi-language: EN-US">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Выбрать<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> <SPAN lang=EN-US style="COLOR: purple">Renderings</SPAN> <SPAN lang=EN-US style="COLOR: purple"> </SPAN></SPAN>в<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue">Display </SPAN> </SPAN>меню<SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US">.<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В диалоговом меню выбрать и пометить, например, <SPAN style="COLOR: blue">Bolls </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Шары</SPAN>).

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В верхней части диалогового окна нажать на клавишу <SPAN style="COLOR: blue">Bolls</SPAN>, которая открывает лист параметров.<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

<!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1037

style="WIDTH: 248.25pt; HEIGHT: 247.5pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок11"

<!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1038

style="WIDTH: 246.75pt; HEIGHT: 246.75pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок12"

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если удалить метку (<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol">Ц</SPAN>) <SPAN style="COLOR: blue">Shading</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Затенения</SPAN>) и нажать <SPAN style="COLOR: blue">ОК</SPAN>, будет получено приближенное, но быстро обрабатываемое объемное изображение молекулы.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">5.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если же отметить <SPAN style="COLOR: blue">Shading</SPAN> и затем нажать <SPAN style="COLOR: blue">OK</SPAN>, это даст пространственно заполненное изображение.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">6.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если в диалоговом меню выбрать <SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol">Ц</SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">Sticks & Dots </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Стержни и точки</SPAN>). Такое представление хорошо демонстрирует форму молекулы. <SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>

Нажатие клавиши [ F2 ] позволяет восстановить параметры изображения молекулы, выбранные ранее. Это - эквивалент выбора <SPAN style="COLOR: blue">Last Rendering</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Последний раз</SPAN>) в дисплейном меню.

<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 13.5pt"></SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 13.5pt; mso-ansi-language: EN-US">2.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 13.5pt">Основная техника построения и редактирования объектов<o:p></o:p></SPAN>

После открытия HyperChem желательно расширить окно на полный экран. В большой рабочей области гораздо удобнее строить молекулы.

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Рисование отдельных атомов:<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="COLOR: maroon"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN> <![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Откройте в меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> <SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>пункт <SPAN style="COLOR: blue">Default element</SPAN>. В нем содержится диалоговое меню <SPAN style="COLOR: blue">Element Table</SPAN> - периодическая таблица элементов Д. И. Менделеева.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для выбора элемента курсор мыши наведите на желаемый элемент и щелкните левой клавишей.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если нажать на кнопку <SPAN style="COLOR: blue">Properties...</SPAN>, откроется окно, содержащее информацию о физических свойствах выбранного элемента.

После нажатия <SPAN style="COLOR: blue">ОК</SPAN> окно исчезает.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Можно также отметить •<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">Allow ions</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Допустимы ионы</SPAN>) или <SPAN style="COLOR: blue">Explicit hydrogens</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Добавить водороды</SPAN>).

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">5.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>После выбора элемента закройте <SPAN style="COLOR: blue">Element Table</SPAN>.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">6.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Переместите курсор в рабочую область. При этом он приобретает форму прицела <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">7.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Разместите в поле построения выбранный атом, нажав однократно на левую кнопку мыши. Так можно разместить на любом расстоянии друг от друга неограниченное число атомов одного элемента.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">8.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для смены элемента вновь необходимо открыть <SPAN style="COLOR: blue">Default Element</SPAN> и щелкнуть по нему левой кнопкой мыши.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">9.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для соединения двух атомов между собой "прицел" мыши <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol">Е</SPAN> (<SPAN style="COLOR: red; mso-bidi-font-style: italic">Draw</SPAN>) наведите на атом и, не отпуская левой клавиши (<SPAN style="COLOR: teal">L-протяжка</SPAN>), проведите линию до другого атома. Таким образом, все размещенные в пространстве атомы можно соединить в одну молекулу посредством химических связей.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">10.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Существует другой способ построения молекулы. После того, как Вы разместили один атом в поле построения, не отпуская левой клавиши (<SPAN style="COLOR: teal">L-протяжка</SPAN>) проведите от него линию до места, где должен находиться второй атом и, не отпуская кнопки мыши, однократно щелкните. Это позиция второго атома.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">11.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>При построении молекул необходимо учитывать, что не все из них имеют плоскую структуру, поэтому для размещения отдельных атомов в пространстве под определенным углом относительно друг друга молекулу можно разворачивать, выбрав указатель мыши <SPAN style="COLOR: red"><!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1032

style="WIDTH: 15pt; HEIGHT: 14.25pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок21"

src="./chapter_02.files/image012.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if!vml]><![endif]></SPAN> <SPAN style="COLOR: red">Rotate out of plane</SPAN> <SPAN style="COLOR: red">.<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">12.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Чтобы химическую связь сделать кратной (двойной, тройной, полуторной), прицел<SPAN style="COLOR: red"> </SPAN><SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol">Е</SPAN><SPAN style="COLOR: red"> </SPAN>необходимо разместить рядом с линией, изображающей одинарную связь и однократно (двукратно) нажать на левую клавишу мыши.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">13.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для удаления связей или атомов пользуются правой клавишей мыши (<SPAN style="COLOR: teal">R-щелчок</SPAN>).

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Работа с выделенными атомами (молекулами)<o:p></o:p></SPAN>

Удалить или копировать сразу несколько атомов или всю молекулу можно после их выделения. Для этой цели служит кнопка <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings">;</SPAN>(вложенные друг в друга пара кружочков).

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Вначале необходимо выбрать параметры выделения в меню <SPAN style="COLOR: blue">Select</SPAN>. Можно выделять как отдельные <SPAN style="COLOR: blue">атомы</SPAN>, <SPAN style="COLOR: blue">остатки</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">residues</SPAN>), так и целые <SPAN style="COLOR: purple">молекул</SPAN>ы, по отдельности или вместе.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>После того, как Вы настроили параметры выделения (например,

<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"> атом), нужно навести курсор на выделяемый объект в рабочем поле и сделать <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчок</SPAN> кнопкой мыши.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Таким же образом можно выделить связь между двумя атомами. В этом случае в параметрах выделения должен быть обязательно отмечен <SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">Atoms</SPAN>.

Выделенные фрагменты можно удалить или запомнить в буфер с последующим извлечением из него (соответствующие кнопки на меню или разделы в меню <SPAN style="COLOR: blue">Edit</SPAN>).

Выделенные фрагменты можно также отдельно перемещать или вращать на рабочем поле, выбрав соответствующие инструменты и «схватив» их правой кнопкой мыши (только для этого необходимо в меню <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue; mso-ansi-language: EN-US">Fail/Preferences/Tool</SPAN> <SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN>отменить<SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> ( </SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US">) <SPAN style="COLOR: blue">whole molecular translation</SPAN>). <o:p></o:p></SPAN>

Для отмены выделения поместите курсор в пустой области экрана и щелкните левой кнопкой мыши. Чтобы отменить выделение отдельного атома, фрагмента или связи курсор <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings"> наводят на выделенный объект и однократно щелкают правой клавишей мыши.

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Выбор группы атомов<o:p></o:p></SPAN>

При выборе группы атомов они заключаются в прямоугольник

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Select</SPAN> не должно быть помечено <SPAN style="COLOR: blue">Select Sphere</SPAN>.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Выберите точку в пустой части рабочей области, проведите от нее линию, одновременно удерживая левую и правую клавиши мыши (<SPAN style="COLOR: teal">LR -протяжка</SPAN>) к выделяемым атомам. При этом будет рисоваться прямоугольник, отображающий границу области выбора.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Отпустите кнопки мыши, и все атомы области выбора окажутся выделенными.

В этом же окне можно выделить вторую группу атомов. Для этого в меню <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue; mso-ansi-language: EN-US">Select </SPAN> необходимо<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN>отметить<SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> (</SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"> )<SPAN style="COLOR: blue"> Multiple Selections </SPAN>. </SPAN>После чего таким же образом в прямоугольник заключить другую группу атомов. При этом новые выделенные атомы добавятся к предыдущим.

Чтобы выделить все атомы нужно в пустом пространстве рабочей области поместить курсор <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings"> </SPAN> и однократно щелкнуть левой кнопкой мыши. Для отмены всех выделений нужно однократно нажать на правую кнопку мыши, когда курсор находится в пустом пространстве рабочей области.

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Удаление атомов<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="COLOR: #993300">Для удаления одного атома или связи:<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Произведите однократный щелчок на инструментальное изображение <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol"> (<SPAN style="COLOR: red; mso-bidi-font-style: italic">Draw</SPAN>) панели инструментов.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Наведите курсор на удаляемый объект и произведите <SPAN style="COLOR: teal">R-щелчок</SPAN>. Атом или связь исчезнут.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p> <SPAN style="COLOR: #993300">Для удаления нескольких атомов или связей:<o:p></o:p></SPAN>

Посредством <SPAN style="COLOR: teal">LR-протяжки</SPAN> заключите в пространство внутри прямоугольника атомы и связи, которые подлежат удалению

В меню <SPAN style="COLOR: blue">Edit </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Редактирования</SPAN>) выберите <SPAN style="COLOR: blue">Clear</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Очистить</SPAN>) <SPAN style="COLOR: purple">.</SPAN> Появится диалоговый блок, где будет задан вопрос: "Хотите ли вы удалит выбор?". Нужно нажать "<SPAN style="COLOR: blue">Да</SPAN>".

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p> <SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Копирование атома в буфер:<o:p></o:p></SPAN>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-font-style: italic">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Select </SPAN> отметьте <SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">Atoms</SPAN>.<o:p></o:p>

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Щелчком левой клавиши в рабочем поле выделить атом или связь.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Edit </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Редактирования</SPAN>) выбрать <SPAN style="COLOR: blue">Copy </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Копирование</SPAN>). Копия атома или связи сохраняется в буфере.

<![if!supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для вставки объектов из буфера в рабочую область можно выбрать в меню редактирования команду <SPAN style="COLOR: blue">Past </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Вставить</SPAN>).

<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Очистка рабочей области HyperChem:<o:p></o:p></SPAN>

Выберите в меню <SPAN style="COLOR: blue">File </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Файл</SPAN>) пункт <SPAN style="COLOR: blue">New </SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Новый</SPAN>). Появляется диалоговое окно, в котором содержится вопрос: "Хотите ли вы сохранить текущие изменения в данном файле?".

Нужно выбрать "<SPAN style="COLOR: blue">No</SPAN>". HyperChem очищает рабочую область.

<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">3.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Создание полипептидов

<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"><![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">До сих пор Вы учились строить отдельные молекулы и отображать их, читая координаты из файла <SPAN style="COLOR: green">HIN</SPAN>. В этом разделе изложены принципы построения полипептидов посредством<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>последовательного выбора остатков аминокислот из библиотеки HyperChem.<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Чтобы открыть диалоговое меню библиотеки аминокислот:<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выберите меню <SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line; COLOR: blue">Databases</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">База Данных</SPAN><SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line">)</SPAN> пункт <SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line; COLOR: blue">Amino Acids</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Аминокислоты</SPAN><SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line">).</SPAN><o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Это диалоговое меню является устойчивым и остается открытым все время, пока Вы строите полипептид.<o:p></o:p></SPAN>

<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Последовательно выбирая остатки, Вы строите вторичную структуру полипептида. Но для этого нужно в диалоговом окне отметить, что должна представлять из себя эта структура:

Поделиться:





Воспользуйтесь поиском по сайту:



©2015 - 2024 megalektsii.ru Все авторские права принадлежат авторам лекционных материалов. Обратная связь с нами...