Субъединичный состав и свойства белковых комплексов Swi/Snf и NURF

factor) был выделен из эмбрионов дрозофилы (табл. I.6).

Оба комплекса состоят из нескольких субъединиц, обладают ATPазной активностью и оказывают влияние на контакты между гистонами и ДНК. Однако для этих комплексов характерно отсутствие общих компонентов, и они различаются по механизмам стимуляции ATPаз. Такие различия между комплексами позволяют предполагать, что они действуют на разные субстраты и могут функционировать независимо друг от друга.

Первые указания на то, что факторы Swi/Snf участвуют в изменении структуры хроматина, были получены генетическими методами. Индивидуальные мутации swi или SNF, ингибирующие экспрессию ряда генов, супрессировались мутациями, повышающими внутриклеточный уровень гистонов. Комплексы Swi/Snf, выделенные из клеток дрожжей и человека, содержали, по крайней мере, десять различных белков. Первые шесть компонентов, перечисленные в табл. I.6, были идентифицированы как продукты конкретных генов, тогда как другие (p78–p25) – только как полипептиды указанной молекулярной массы. Комплекс Swi/Snf стимулирует in vitro ATP-зависимое связывание нуклеосомами транс- действующих факторов транскрипции. Мутационные изменения консервативных участков гистонов H3 и H4, необходимых для формирования у них правильной пространственной структуры, делают транскрипцию независимой от фактора Swi/Snf in vivo.

Недавно комплекс Swi/Snf удалось выделить в составе холофермента РНК-полимеразы II, так что этот комплекс может оказаться неотъемлемой частью транскрибирующего фермента и присутствовать в инициационных комплексах всех промоторов. Однако в таком случае остается не совсем понятным, почему мутации в генах SWI/SNF оказывают влияние на экспрессию лишь некоторых генов. Поскольку белки Swi/Snf ассоциированы с медиаторным комплексом, который, в свою очередь, связан с CTD-доменом РНК-полимеразы II и обеспечивает ответ РНК-полимеразы на действие регуляторных факторов, последние могут по-разному реагировать на присутствие в комплексе мутантных белков Swi/Snf, что и может быть причиной дифференциального ответа конкретных промоторов на мутации.

Белковый комплекс NURF впервые был описан как кофактор уже упоминавшегося выше фактора транскрипции GAGA, который необходим для активации промотора гена теплового шока дрозофилы hsp70. In vivo в этом промоторе была обнаружена последовательность длиной в 200–300 нуклеотидов с повышенной чувствительностью к ДНКазе, в состав которой входят TATA-бокс и сайты связывания факторов GAGA и HSF (heat shock factor – фактор теплового шока). Гиперчувствительность промотора к действию ДНКазы можно было моделировать в бесклеточных экстрактах как до, так и после сборки хроматина путем добавления GAGA-фактора и ATP. Поскольку фактор GAGA сам по себе не обладает ATPазной активностью, в результате очистки белков с этой активностью и был идентифицирован комплекс NURF. Этот комплекс может разрушать нуклеосомы или изменять их положение в промоторе гена HSP70 и в отсутствие фактора GAGA. Однако присутствие NURF стимулирует связывание этого фактора со своим сайтом на промоторе, что, в свою очередь, ускоряет перестройку нуклеосом в этом участке гена. ATPазная активность NURF не стимулируется свободной ДНК или гистонами, однако усиливается в присутствии интактных нуклеосом, что отличает этот фермент от ATPазы Swi2. При микросеквенировании пептида с молекулярной массой 140 кДа в нем был обнаружен ATPазный домен, гомологичный таковому Swi2, однако это оказалось единственной гомологией между двумя комплексами. Следует еще раз подчеркнуть, что отсутствие у них общих субъединиц и существенной гомологии указывает на возможность независимого функционирования этих комплексов и действия на разные субстраты.

Специфичность функционирования ATP-зависимых белковых комплексов, изменяющих структуру нуклеосом, предполагает их точную доставку в нужные места хроматина. Как и в уже рассмотренном случае ацетилаз и деацетилаз гистонов, специфический характер взаимодействия комплексов с ДНК обеспечивается дополнительными белками. Выше упоминалось о том, что комплекс Swi/Snf входит в состав холофермента РНК-полимеразы II, что обеспечивает его доставку к соответствующим промоторным последовательностям. Кроме того, было показано, что этот комплекс может взаимодействовать с рецептором глюкокортикоидов и в таком виде оказывать влияние на структуру нуклеосом. Формирование таких комплексов, по-видимому, является одним из существенных моментов активации рецепторов глюкокортикоидов. Учитывая обсуждавшееся выше взаимодействие рецепторов стероидных гормонов с ацетилазами/деацетилазами гистонов, можно полагать, что специфическое изменение структуры хроматина является общим механизмом, посредством которого рецепторы оказывают влияние на экспрессию соответствующих генов.

Нуклеосомы при элонгации синтезируемой РНК. Механизмы, обеспечивающие элонгацию транскрипции на нативном хроматине, не совсем понятны. Поскольку РНК-полимеразы прокариот, в частности фагов SP6 и T7, обладают способностью транскрибировать хроматин in vitro, создавалось впечатление, что для прохождения РНК-полимеразами нуклеосом хроматина во время элонгации РНК не требуются дополнительные факторы. Тем не менее, нуклеосомы ингибируют транскрипцию хроматина in vitro на стадии элонгации эукариотическими РНК-полимеразами II и III, что не наблюдается in vivo. Одной из гипотез, объясняющих процесс элонгации транскрипции на хроматине, является модель двойных суперскрученных доменов. В соответствии с этой моделью предполагается, что транскрибирующая РНК-полимераза индуцирует в ДНК образование локальных суперскрученных доменов. Положительные супервитки образуются впереди элонгирующей РНК-полимеразы, а отрицательные – позади фермента. Закручивание ДНК вокруг гистонового октамера в нуклеосоме приводит к незначительным изменениям в параметрах двойной спирали ДНК и к образованию одного отрицательного супервитка в молекуле ДНК. Его формирование должно приводить к компенсаторной положительной сверхспирализации участков ДНК, прилегающих к нуклеосоме. Образование нуклеосом осуществляется предпочтительно на отрицательно сверхспирализованной ДНК, а ее положительная сверхспирализация сопровождается ослаблением структуры нуклеосом или их разрушением в присутствии дополнительных белковых факторов. Эти факты и лежат в основе обсуждаемой модели.

Таким образом, в соответствии с этой моделью, элонгирующая РНК-полимераза индуцирует впереди себя локальную положительную сверхспирализацию молекулы ДНК, что облегчает разрушение нуклеосом, находящихся в этой зоне. Повторное образование нуклеосом происходит в зоне отрицательно сверхспирализованной ДНК позади транскрибирующей РНК-полимеразы.

Конвергентный характер исследований функциональной структуры хроматина и транскрипции лишь иллюстрирует общую тенденцию развития современной молекулярной биологии и генетики. Чем глубже становится понимание механизмов функционирования отдельных генетических систем клетки, тем яснее видится их взаимозависимость и полифункциональность. Высокоупорядоченные перестройки нуклеосом и хроматина сопровождают не только транскрипцию, но и репликацию, рекомбинацию и репарацию повреждений ДНК. В связи с этим проблема структуры хроматина и динамики ее изменений в клеточном цикле является одной из центральных в современной молекулярной генетике.

Концепция транскриптосомы. Как было показано выше, транскрипционный комплекс, в состав которого входит эукариотическая РНК-полимераза II, устроен весьма сложно. Появляется все больше данных в пользу того, что транскрипционный комплекс взаимодействует с другими крупными белковыми комплексами, участвующими, в частности, в разрушении нуклеосом и репарации ДНК. Полный размер образующегося при этом стабильного транскрипционного комплекса, содержащего более 70 полипептидов, приближается к размеру рибосомы. Такой колоссальный размер транскрипционного комплекса эукариот, вероятно, должен замедлять поиск путем линейной диффузии регуляторных последовательностей нуклеотидов транскрибируемой ДНК, на которых происходит инициация транскрипции. Обсуждается возможность того, что инициация транскрипции у эукариот осуществляется в специализированных надмолекулярных комплексах, специфически ассоциированных с ядерным матриксом, которые получили название транскриптосом. По крайней мере, один из белковых компонентов, входящих в состав холофермента POL II животных, YY1, оказался идентичным фактору NMP-1, ассоциированному с ядерным матриксом. Возможно, именно с участием этого белка происходит прикрепление транскриптосом к ядерным мембранам.

Подводя итог рассмотрению основных этапов транскрипции, необходимо отметить, что инициация синтеза РНК, элонгация транскриптов и терминация транскрипции являются очень сложно организованными процессами. Структуры матричной ДНК и растущих цепей РНК оказывают влияние на процесс освобождения промотора РНК-полимеразами, а также на свойства самих элонгирующих и терминирующих ферментов. При этом на инициацию, задержку и прекращение транскрипции, расщепление РНК и ее реитеративный синтез, а также на саму терминацию оказывают действие многочисленные белковые факторы. Все это находит свое выражение в сложности регуляторных процессов, обеспечивающих координированную экспрессию генов на уровне транскрипции. Основные биохимические механизмы, контролирующие эти процессы, будут рассмотрены в соответствующих разделах книги.