Солитонообразования. На информационных биополимерах

Способны ли молекулы ДНК и белков к солитонным возбуждениям, предсказанным в многочисленных теоретических моделях? Нами предприняты попытки фиксации нелинейных волн такого рода in vitro методом спектроскопии корреляции фотонов. Выявлены устойчивые эффекты, которые по ряду признаков соответствуют, в частности, процессу спонтанного солитонообразования в рамках явления возврата Ферми-Паста-Улама. [8, 19, 25, 31, 32]. Обнаружилось, что при переходе от разбавленного раствора ДНК к полуразбавленному можно зарегистрировать аномально долго затухающие акустические колебания гелевого континуума ДНК. Слабо затухающие колебания исчезают по мере перехода от полуразбавленного к разбавленному раствору и в результате уменьшения длины фрагментов ДНК. Эти данные подтверждают ранние работы[23] для агарозы и коллагена, где впервые обнаружен феномен аномально слабой затухаемости плотностных колебаний биогелей. Аномальное поведение ДНК зарегистрировали после наших наблюдений и японские авторы[24] методом прямой регистрации броуновской динамики флуоресцентно-меченой ДНК. Причем, в работе японцев выявились и другие необычные особенности нелинейной динамики ДНК, которые не укладываются в хорошо разработанные теоретические модели Цимма и Роуза, но которые хорошо соответствуют нашим наблюдениям и трактовке молекул ДНК как структур, резонирующих на особые внешние волновые регуляторные сигналы [25, 6, 7, 15, 16, 29] (также см. ниже). Такая самоорганизация волновых процессов в ДНК может происходить и при таких физических условиях, когда существенную роль играют кооперативные процессы на уровне макромолекулярного континуума молекул ДНК, приближающегося к структуре хромосом. Чем более структура растворов ДНК отличается от архитектоники ДНК в хромосомах (в приводимых нами экспериментах это относительно короткие фрагменты полимера), тем менее существенны коллективные дальние (в масштабах макромолекулярных протяженностей полинуклеотида) взаимодействия между цепями ДНК, столь важные для эпигенетических функций генома. Ключевым звеном в данных экспериментах является четкая регистрация поведения ДНК in vitro, которое ранее зафиксировано Бреннером и Носсалом для агарозы и коллагена в аналогичных условиях. Это позволяет рассматривать нелинейную динамику такого рода для ДНК и других информационных биополимеров как проявление солитонных свойств в рамках явления возврата Ферми-Паста-Улама (ФПУ). Нелинейная динамика ДНК, ее гидродинамическое поведение и акустика чрезвычайно чувствительны к внешним физическим воздействиям in vitro - энзиматической рестрикции, разбавлению-концентрированию, нагреву-охлаждению, ультразвуковой обработке, слабым механическим воздействиям, облучению ИК-лазерным полем, излучением ФПУ-генератора с широкополосным электромагнитным спектром. Эти и аналогичные воздействия могут и должны в той или иной мере оказывать влияние на генетический аппарат в условиях in vivo, искажающее нормальные эпигенознаковые функции хромосом, что также подтверждается в наших экспериментах. Нелинейная динамика ДНК обнаруживает и другие “аномальные” свойства. Мы зафиксировали резкое различие коэффициентов диффузии для кольцевых и линеаризованных плазмидных ДНК [33], которое также не укладывается в циммовскую теорию поведения полимеров в водных растворах и в этом плане находит подтверждение в работах группы Роберта Пекоры (США) и упоминавшемся исследовании Матсумото с соавторами. Эти необычные свойства ДНК, вероятно, играют важную роль, например, для понимания механизмов управляемого “пилотирования” и точной “посадки” транспозонов ДНК (аналогов плазмид) в пределах жидкокристаллического сверхвязкого и сверхплотного континуума хромосом. Эта задача находится в области общей и нерешенной проблемы молекулярной биологии - проблемы самоорганизации внутриклеточных, межклеточных и межтканевых структур, их “взаимоузнаваний”. Ясно, что, зная волновые, гидродинамические и иные механизмы точного пилотирования таких немаловажных для человека транспозонов, как онкогены и обратнотранскриптазный геном вируса иммунодефицита человека, мы будем иметь возможность корректировать их в необходимом направлении, исключающем патогенез. Не менее существенным представляется факт обнаружения нелинейной динамики ДНК с признаками поведения солитонов по типу явления возврата ФПУ. Это также дает вклад в осознание принципов макромолекулярных и надмолекулярных взаимоузнаваний в организме по линии солитонно-резонансных дальних взаимодействий и делает более реалистичной попытку дать новую версию работы генома эукариот, обсуждавшуюся выше. Мы обнаружили и другие необычные проявления физических свойств ДНК - ее последействие или следовую память [25]. Этот феномен ставит проблему новых типов геномных функций. Возможно, это явление тесно связано с особой памятью генома высших биосистем, а также, вероятно, и с памятью коры головного мозга. Но если для ассоциативной корковой памяти и памяти генома растений нами и другими даны физико-математические модели в терминах и понятиях голографических и солитонных процессов, то память последействия ДНК - явление далеко не ясное и нуждающееся в более глубоком исследовании и осторожной трактовке. Этот эффект зарегистрирован нами при динамическом лазерном светорассеянии на препаратах высокоочищенных ядер из эритроцитов кур и на высокополимерной чистой ДНК из зобной железы теленка [25]. По сути, аналогичное явление наблюдала группа Р. Пекоры (США)[25] и назвала его “MED-effect” (Mimicing Effect of Dust), т. е. эффект, имитирующий пыль. Так же как и в наших работах, этот феномен обнаружен методом корреляционной лазерной спектроскопии на рестриктных фрагментах ДНК строго определенной длины. И в этом случае ДНК вела себя “аномальным”образом: зондирующие фотоны дифрагировали не только на полинуклеотидных цепях, но и на “посторонних частицах”, которых в препарате заведомо не было, что обеспечивалось специальным обеспыливанием. Этот никак не прокомментированный группой Р. Пекоры эффект сильно затруднил ей попытки объяснить поведение ДНК с позиций казалось бы хорошо разработанной теории Цимма и Роуза для динамики полимеров в водных растворах. И это еще раз было подтверждено в Японии Матсумото и др. [26] прямым наблюдением “аномально” броунирующей флуоресцентно-меченой ДНК. Представляется, что в работе группы Пекоры cветорассеяние происходило не только на реальных фрагментах ДНК, но и на волновых следовых структурах ДНК, оставляемых броунирующими молекулами этого суперинформационного биополимера в духе теории физического вакуума[27], где постулируется идея генерации фантомных торсионных аксионно-кластерных эквивалентов физических тел.

Что касается “аномалий” ДНК, обнаруженных в работе японцев, то здесь может иметь место также и вклад внешних физических полей, корригирующих квазиспонтанную динамику ДНК, вклад, который никак не принимался в расчет цитируемыми авторами.