Рис. 22 Спектрограмма, полученная в результате секвенирования по методу Сэнгера на автоматическом секвенаторе
Рис. 22 Спектрограмма, полученная в результате секвенирования по методу Сэнгера на автоматическом секвенаторе Анализ данных капиллярного секвенирования сводится к " прочтению" последовательных пиков флуоресценции. В настоящее время, с использованием современных автоматических секвенаторов, длина одного прочтения по методу Сэнгера составляет 800-1000 нуклеотидов. 2. 3 Метод гибридизации на твердой фазе
Рис. 23 Принцип метода секвенирования на чипе После удаления несвязавшихся молекул ДНК можно зарегистрировать сигнал флуоресценции в тех участках чипа, где находится олигонуклеотид, комплементарная последовательность которого есть в секвенируемом образце ДНК. Полученный гибридизационный паттерн можно использовать для восстановления исходной последовательности путем сборки перекрывающихся участков сработавших проб (Рис. 23). К сожалению, невозможно подобрать условия, при которых с олигонуклеотидами будут гибридизоваться только полностью комплементарные фрагменты. Всегда находятся GC-богатые участки, которые будут гибридизоваться и при наличии одного или даже нескольких неспаренных оснований. В связи с этим, метод SBH пока не нашел широкого практического применения. Тем не менее, алгоритмы, разработанные на основе SBH для сборки коротких прочтений в более длинные фрагменты, стали основой для последующих алгоритмов высокоскоростной сборки и выравнивания, используемых с технологиях секвенирования нового поколения (new generation sequencing, NGS).
2. 4 Секвенирование с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF (Matrix-assistedlaserdesorption/ionization-time-of-flight) (определение нуклеотида по массе и заряду)
Для определения последовательности нуклеотидов ДНК методом MALDI-TOF гомогенный фрагмент ДНК (или РНК) высушивают на поверхности в среде 3-гидроксипиколиновой кислоты. ДНК обрабатывают коротким импульсом УФ-лазера, в результате чего ионы ДНК переходят в газовую фазу.
Воспользуйтесь поиском по сайту: ![]() ©2015 - 2025 megalektsii.ru Все авторские права принадлежат авторам лекционных материалов. Обратная связь с нами...
|